林丹汗此次东征损失惨重。
虽然他战胜了阿禄部，但是率大军赶来的皇太极给了他迎头痛击。
两方兵马麓战数月，最后林丹汗不敌，仓皇败逃。
逃到喀喇莽乃的林丹汗，并不想招惹王则之，他想的是召集还能掌控的部族过黄河前往青海去。
崇祯元年之时，林丹汗与漠北外喀尔喀的绰克图台吉却图汗、西藏的藏巴汗、康区的白利土司月顿多吉结盟，因为他们都不信仰黄教，所以被称为“反黄教联盟”。
林丹汗试图利用这个联盟东山再起。
林丹汗逃到喀喇莽乃大草原之后，立即下令，命拥有两头牛两头羊以上的属民，向喀喇莽乃集合，追随他往青海而去。
林丹汗之所以敢在喀喇莽乃驻军，那是因为，这一带一直是他的地盘。
哪怕王则之攻克了归化城，也管不了这里，瘦死的骆驼比马大正是这个道理。
逃到此地的林丹汗，不甘心归化城就这么被王则之占据着，他派出数股骑兵不时前来骚扰。
他们一边骚扰袭击，一边传递消息。
林丹汗命令仍旧心系于他的牧民可以追随他，尽渡黄河。
追随林丹汗的臣民自失去归化城开始，就没了粮食。
他留守在漠南蒙古和喀尔喀交界处的驻地又被反抗他的右翼诸部歼灭了。
林丹汗不远千里击败阿禄部，好不容易抢夺而来的粮草又被皇太极缴获了。
现在的林丹汗营内，连粮食都没有，没有办法的他只能下令，杀战马以食。
其麾下士兵的士气低落到了极点。
崇祯二年，四月初。
这一日外喀尔喀的部族遣使而来，他们害怕林丹汗前来攻打他们，有了示好的意思。
林丹汗数败于王则之之手，又败于皇太极之手，而今他才知道，他留下的驻地也被右翼诸部歼灭了，一气之下的林丹汗不管不顾的就斩了外喀尔喀派来的使者，并把使者的尸体挂在了营帐之外。
林丹汗宽阔的蒙古包内，坐满了各个部族的首领。
蒙古包内，传来一阵接一阵的说话声，那些话，如果是明人百姓当然听不懂，因为他们说的尽是蒙语。
“如今我们腹背受敌，金人、明人，时刻准备趁机报复我们，我们应该怎么办啊”
两翼大总官塔什海担忧的问道。
他的话引起了各人的共鸣，一时之间，大帐之内的首领们都看向林丹汗。
“我们马上迁徙。”林丹汗想都不想立刻回道。
“往哪里迁徙”另一位两翼大总官虎鲁克寨桑问道。
“青海，绰克图台吉、藏巴汗、月顿多吉与我有盟约，我们可以在那里休养生息。”林丹汗道。
“可是那个明人挡住了我们的道路，奈曼、敖汉、阿喇克卓特投了金人，浩齐特、乌珠穆沁、苏尼特三鄂托克到漠北的喀尔喀人那里去了。
我们的力量已经远不如从前了，我们能安然迁徙吗”
两翼大总官塔什海再次担忧的说道。
广宁之战后，后金对明朝的攻势暂时停止，而蒙古内部矛盾逐渐凸显。
内喀尔喀与后金通婚、盟誓等事，引起了林丹汗的疑心。
他严厉指责管理左翼三万户的大臣锡尔呼纳克杜棱洪台吉管束不得力，甚至怀疑他暗中与努尔哈赤已有联系，准备对锡尔呼纳克杜棱洪台吉和其他诸台吉采取必要的措施。
这反而加速了蒙古内部的分化，本来从林丹汗皈依红教后，尊崇黄教蒙古诸部已与林丹汗貌合神离，开始自行其是了。
1622年二月，管理左翼三万户的特命大臣锡尔呼纳克杜棱洪台吉与林丹汗发生分歧，遂率领三千多户，投奔辽阳城，归顺了努尔哈赤。
受其影响，1623年正月，内喀尔喀拉巴什希布、索诺木、莽果、台吉等也各率所属五百户投奔了辽阳城。
此时，乌珠穆沁部翁衮都喇尔子多尔济车臣济农与其叔之子塞棱额尔德尼台吉也因与林丹汗不和，率部投奔了漠北外喀尔喀。
苏尼特部素塞巴图噜济农、浩齐特部策凌伊尔登、阿巴噶部都思噶尔札萨克图济农各率所部，也投奔了漠北。
当时，内喀尔喀五部虽与努尔哈赤结盟，却阳奉阴违，仍与明朝通款，同时努尔哈赤要求内喀尔喀断绝与察哈尔的关系，亦遭到反对，所以努尔哈赤于1623年四月对内喀尔喀发动惩罚性攻击，杀死了对后金的强硬派扎鲁特部台吉昂安。
内喀尔喀五部盟主卓里克图派人找林丹汗，希望一起报仇，但林丹汗并未响应。
林丹汗不敢正面对抗后金，此举寒了内喀尔喀五部的心，也为以后的分歧埋下了钉子。
林丹汗要统一蒙古，不能不威胁到蒙古诸部封建主的利益，其中奥巴台吉领导的科尔沁部与林丹汗的察哈尔部关系最为紧张，同时与后金的来往日益密切，到1624年时干脆抛弃林丹汗，与努尔哈赤结盟。
科尔沁与后金的结盟与之前内喀尔喀不同，内喀尔喀是后金胁迫下的“要盟”，而且由于内喀尔喀的反抗而没什么效力；而科尔沁则是主动结盟，并明确针对林丹汗，因此科尔沁在林丹汗的统一大业中首当其冲。
林丹汗先在1624年十月派绰尔济喇嘛和奥巴谈判，结果不欢而散。
十一月，林丹汗率军征讨科尔沁，奥巴不敌察哈尔军，急忙派人向盟友后金告急。
努尔哈赤亲率贝勒大臣驰援，抵镇北堡后命莽古尔泰率兵5000赴农安塔，实际上只是虚张声势，并没有死保科尔沁的意思。但林丹汗得到后金出援的消息后，不愿与后金正面交锋，于是匆忙撤退，科尔沁之围遂解。
1626年春，后金在宁远之战失败后怨恨内喀尔喀阴助明朝，乃第二次讨伐内喀尔喀，内喀尔喀被打得落花流水，其领袖卓里克图败走西拉木伦河时遇到林丹汗，林丹汗严厉责备卓里克图对自己不忠以及内喀尔喀在明朝和后金之间朝秦暮楚之事，并趁机合并了他的余部，至此内喀尔喀五部之一的炒花部乌齐叶特不复存在。
1626年八月，努尔哈赤死，皇太极继承后金汗位，当年十月，皇太极以内喀尔喀五部中的扎鲁特部屡次劫杀后金派往科尔沁的使臣为由第三次讨伐内喀尔喀，林丹汗再度趁火打劫，攻击内喀尔喀残部，服从者养之，拒敌者被杀，内喀尔喀五部在后金和林丹汗的夹击下土崩瓦解，只剩下了巴林部和扎鲁特部。
在科尔沁部已投入后金阵营、内喀尔喀五部覆灭的情况下，皇太极开始向林丹汗的察哈尔部渗透。
察哈尔部的八个鄂托克中，奈曼和敖汉夹在林丹汗和皇太极势力之间，他们为缓解两者间的对立关系，甘愿充当调停者角色，于是在1627年初派绰尔济喇嘛去沈阳与皇太极议和。
皇太极不仅暗示两鄂托克归顺后金，还要求直接与林丹汗通使。
林丹汗知道了自己的两个鄂托克通款后金的事实后，不但没有理解他们的想法，反而讨伐奈曼、敖汉，奈曼、敖汉不堪林丹汗的压力，于1627年六月背叛林丹汗，归附后金，并与皇太极订立盟誓。
自此以后，林丹汗在左翼已经众叛亲离。
反观皇太极却是越来越盛，加上当时察哈尔部与明朝贸易的据点广宁已经失陷，林丹汗想通过兼并右翼诸部以将明朝给右翼的丰厚“市赏”据为己有。
于是林丹汗被迫西迁，开始征战右翼诸部。
直至现在，经过常年征战林丹汗已经完全不是王则之的对手了。
。