当时这个消息被皇太极知道后，立刻派多尔衮、岳托、萨哈廉、豪格领兵一万，第三次远征察哈尔，趁着大雾将额哲的营帐团团包围。
最后额哲抵抗不住，带着传国玉玺向八旗兵投降，蒙古帝国正式宣告灭亡，漠南蒙古也全部被后金降服。
皇太极得到传国玉玺后，被以额哲为首的漠南蒙古十九个封建主一同尊奉为博格达彻辰汗，也就是说，漠南蒙古人堕落到给自己找了一个满洲人当大汗。
皇太极成为蒙古大汗后，于第二年将国号从金改为大清，建立了大清帝国。
后来皇太极将察哈尔蒙古诸部分化，分设左右翼察哈尔八旗，封额哲为亲王，并将皇女马喀塔格格嫁给他。
三藩之乱的时候，察哈尔部的首领布尔尼举兵反清，遭到清军镇压，于是林丹汗的后裔被杀净。
漠南蒙古也就再没有与清军开战了。
纵观漠南蒙古被清朝征服的过程，完全就是蒙古人自己不争气造成的。
自从明朝将蒙古人赶出中原后，蒙古内部就四分五裂，如仇人一般相互攻击，结果给了清朝分化蒙古各部，孤立林丹汗的本部的机会。
最终清朝杀绝了正根的黄金家族，蒙古的正统汗权被满人攫取，蒙古人也就没有自己民族的大汗了。
比较搞笑的是，蒙古人虽然打不赢满清，但是在嫁女儿这方面很成功。
清朝前三任皇后都是科尔沁部落的郡主，最有名的就是孝庄皇太后了。
而当八旗子弟堕落之后，漠南蒙古的骑兵部队就成了满清统治的绝对中坚力量。
第二次鸦片战争时，僧格林沁与英法联军在八里桥血战的部队，就是科尔沁的蒙古骑兵。
喀尔喀蒙古被瓜分，属于漠西蒙古一脉的准噶尔汗国与清朝打了70年，历经康雍乾三朝，清朝人终于征服准噶尔汗国。
漠南蒙古是真正贯彻了清朝“满蒙一体”政策的蒙古人，属于满洲人的合作伙伴。
喀尔喀蒙古和清朝的关系就要差一些了。
漠西蒙古，这一支蒙古人也分为三股势力。
其中土尔扈特部被准噶尔挤走，流落到了伏尔加河下游定居，后来受到沙俄欺压，在首领渥巴锡的率领下回到清朝，还有一部分土尔扈特人留在了沙俄。
这一支漠西蒙古人与清朝没有恩怨，关系比较好。
另外一部分就是和硕特部，青海蒙古和硕特部的罗布臧丹津曾在雍正年间叛乱。
关外的历史，其实就是蒙古人在元朝灭亡后，窝里斗完，又被满清剿杀的历史。
满蒙一家当中，蒙古人的范围其实是很有限的。
明朝末年的实际情况是在晚期的嘉靖、隆庆到万历三朝时期、大明内阁，还有辽东、蓟州边镇的军政主官，都长期把蒙古视为最有威胁的敌人。
而明朝开始注意到建州努尔哈赤的威胁，是迟到万历二十八年，1600年才出现的。
在这年，努尔哈赤杀死海西哈达的末代首领孟格布录，哈达老部长王台的第五子。
孟格布录虽然昏聩无能，但是他从父亲那里袭承了明朝封赐的龙虎将军与都督等爵职。
虽然明朝对政治能力低下的孟格布录也很不满，但孟格布录统治哈达时期，同样坚持王忠、王台等先辈与明朝积极搞好关系的一贯路线。
明末海西女真四部，哈达曾强盛一时，现在居然成为第一个被灭亡者。
努尔哈赤杀孟格布录后，建州女真的势力发展到开原南关。
建州女真与海西女真的均势平衡被打破，这才引起了明朝的警觉。
万历二十九年正月，明朝遣使到建州，就此事诘责努尔哈赤，扬言要关闭抚顺马市，削去他的龙虎将军之衔。
努尔哈赤只好选择退却，向明朝悔过。
明朝趁机表示，要立孟格布录之子乌尔古岱为哈达新首领。
努尔哈赤立即表示同意。
当年七月，在明朝的主持下，努尔哈赤在抚顺关外盟誓，将扣押在建州的乌尔古岱送到明军手里，由明军护送到哈达城，继承首领。但当年哈达遇到饥荒，又遭到叶赫的侵吞，乌尔古岱年幼，无力控制局势，一个多月后，自己主动回到建州。
此时，海西女真叶赫，内喀尔喀蒙古炒花—宰塞等，都表现的桀骜不驯，或时常侵边犯境，或频频侵吞邻部。
明朝即便对努尔哈赤已经产生了一些警觉，但也只是把他当作辽东地区诸多不安定因素的之一。
明朝从嘉靖时期开始，北方塞外地区的主要边患对象仍然是蒙古人。
明朝嘉靖年间，因漠南蒙古右翼土默特势力强大，“虏患”主要是土默特的俺达汗。
俺达汗的核心地区，是大阴山以南的河套平原，威胁宣大延绥宁夏等西北边镇。
但是土默特的势力发展的太快，排挤左翼察哈尔，导致察哈尔东迁。
从嘉靖朝中期开始，逐渐向东侵蚀的土默特，已经频频从西峰口等处入塞，侵入京师以东的蓟镇防区。
土默特骑兵还多次威胁山海关和永平、丰润等地。
而察哈尔东迁后，形成一种连锁效应，也对辽西、蓟镇产生威胁。
因此，嘉靖时期的“虏患”是最严重的。
而同一时期内，明朝积极扶植哈达王忠王台，实现以哈达制约海西、建州女真，因此此时女真当时虽然也有几股“骜酋”，但不成气候。
隆庆五年，隆庆和议、俺达封贡等一系列事件达成后，右翼蒙古的入塞活动停息，宣大延绥宁夏等西北边镇的边患基本结束。
而此前察哈尔东迁、内喀尔喀五部南下，导致活动在蓟州到辽西边墙外的蒙古各部势力过多，草场资源无法承载过多的人口。
察哈尔和内喀尔喀不仅蚕食原兀良哈三卫的领地，更频频侵入边墙。
此时，明朝正是隆万改革时期，通过开海禁、整顿官吏、推行新税法，任命一批少壮武将等方式，戚继光守蓟镇、李成梁镇辽，明军与察哈尔土门汗等势力采取硬碰硬式的对抗。
在同一时期内，哈达王台作为可以号令海西、建州各部的女真大酋盟主，继续为明朝发挥作用。虽然有叶赫、王杲等，但在王台的协助下，都能轻松压制或抓捕。
万历十年夏天，张居正和哈达王台接连去世。叶赫开始抬头。
辽东地区在李成梁的主持下，通过扶植努尔哈赤，使建州女真逐渐统一，与海西女真势力相当，达成一种均势，以此保证女真各部依然不成边患。
万历十九年，李成梁遭弹劾下野；次年，丰臣秀吉侵朝。
因援朝战争突发，明朝辽军被大批抽调到朝鲜参战。
辽西边墙外的蒙古各部，不仅趁机在马市上哄抬马价，作为一种战略资源，明军如朝参战后，对马匹的需求剧增，而且重新掀起对辽东地区持续侵入。
明朝辽东军政主官的仕途境遇就能说明白这一切。
万历二十一年十月，辽东巡抚韩取善被褫职，原因是“虏犯锦义。
把兔儿围辽阳，朵颜小歹青、福余伯言儿分犯锦、义，掠清细河，巡抚韩取善坐免。”
韩大人御敌无能，遭劾，下岗问罪了。
把兔儿，本名布颜巴图尔，内喀尔喀巴林部首领；小歹青，本名岱青杜棱，敖汉部首领。
韩取善之后，继任的是李化龙。
李巡抚在任三年，万历22年5月～万历25年4月，表现还不错。
对蒙古采取文武兼施的方式。
武，有镇武堡大捷、黑山捣巢等一系列战斗，打击了频繁内犯的内喀尔喀，自己也得到万历皇帝的嘉奖，所以巡抚职位稳稳当当坐了三年。
文，开义州马市木市，即可以用经济利益安抚蒙古，也可以赶紧筹措马匹、木材等资源，支援朝鲜战场。
万历25年4月，李化龙因病乞休，继任者是张思忠。
张大人是最倒霉的，上任还不到一个月，巡抚的位子都没坐热呢，就被赶下了。
因为当时的辽东总兵官，就是李成梁的长子李如松。
四月，虏又犯边，李如松带兵追击，中伏身亡。
辽东总兵官身亡，作为辽东巡抚，张思忠御敌不利，对敌情不察之责，夺职问罪。
张思忠之后，由李植再当巡抚。
李大人战战兢兢地当了三年巡抚，结果也是一样的：“炒花犯辽东，副总兵解生败没，巡抚李植解官听勘。”
李植被罢免，是在万历二十八年。
在本答案的一开头，趣÷阁者就说过努尔哈赤杀孟格布录一事，也是万历二十八年。
辽东总兵官，我们可以简单地理解成辽东军区司令；辽东巡抚，则政军检刑等，都可以干预，职权可比辽东高官要大多了。
这么多辽东总兵和辽东巡抚，都是因为在防御蒙古时，或战死阵亡或被撤职问罪，没有一位是因为对付女真不利而被撤职的。
当时辽东的边防局势从嘉靖朝、隆庆朝、万历朝中前期，包括援朝战争这么漫长的时间内，明朝辽东地区最有威胁的敌人，始终是漠南蒙古各部，不是女真。
即便在万历二十八年，努尔哈赤杀杀孟格布录吞并哈达发生，引起明朝的警觉后。
明朝也不认为努尔哈赤就是最大的隐患，只是把他和内喀尔喀、叶赫等并列，作为辽东地区诸多不安定势力的之一。
建州女真势力进一步强盛，成为明朝最有威胁的外敌，是在万历三十三年到三十六年（1605～1608年）之后。
万历三十三年，蓟辽总督骞达、与辽东巡抚赵楫、总兵官李成梁合谋，弃守宽甸六堡，建州女真得边墙外八百里沃土，可以大力发展农耕，这是其一。
万历三十五年，在乌碣岩之战中，建州击败乌拉，有数万乌拉俘虏和东海女真壮丁充实本部人口。这是其二。
万历三十五年的乌碣岩之战和次年的宜罕山城之战后，建州女真的势力发展到图们江下游，打通东海之路，自此之后，从东海部、野人部出产的貂皮等物，不再转输开原马市，改为经图们江—浑江—苏子河—浑河这条路线，在建州部控制下输送至抚顺、宽甸马市。
建州女真由此开始垄断貂参贸易，坐地抬价。这是其三。
经过万历三十三到三十六年（1605～1608年）的上述事件之后，建州女真的真实实力，才开始超过诸如漠南蒙古内喀尔喀等部。
有一件非常重要的事，万历三十三年十二月，内喀尔喀五部蒙古都派出使者，在巴岳特部恩格德尔台吉的带领下，来到赫图阿拉拜谒努尔哈赤，五部喀尔喀向努尔哈赤上尊号“昆都仑汗”。
在满蒙民族的文化中，尊称别人为汗和自己称汗，都是有重大政治意义的事情。
五部喀尔喀蒙古贵族，尊建州女真首领努尔哈赤为汗，就是认可努尔哈赤的身份更高，承认此时建州女真的实力更强盛。
而且努尔哈赤还很擅长进二退一，在引起明朝的警觉后，只要明朝派人来诘责，他还主动悔过，努力修补关系。
即便他已经是昆都仑汗，依然小心翼翼的维护和明朝的关系。
万历三十六年的年底，努尔哈赤和他的弟弟舒尔哈奇，还带着500多人的庞大朝贡队伍，到明朝北京朝贡，对万历皇帝表忠心呢。
万历皇帝颁给建州等卫女直夷人奴儿哈赤、兀勒等三百五十七名贡赏如例；颁给建州右卫女直夷人速儿哈赤等一百四十名贡赏如例。
所以，万历三十三到三十五年，这是个关键点。
在击败乌拉、收附乌拉与东海女真数万壮丁、打通东海貂路，控制马市贸易，占据宽甸八百里发展农耕等事件都实现后，建州女真才成为此时辽东地区对明朝最有威胁的挑战者。
而这个时间距离努尔哈赤最后起兵反明，只有12年而已。
想充分了解明带辽东的社会、民族关系，了解明清战争等话题，不要只看明、女真等一两方的资料，那纯粹是盲人摸象。
必须要把明朝、蒙古、海西女真、建州女真和朝鲜这五个政治实力分门别类，缕清他们之间相互作用、相互影响的错综关系。
这一个寒冷的夜晚，巴岳特部恩格德尔台吉不可能向努尔哈赤投降，但他可以向卓里克图建议：“老弟，这样不是事，明天天亮，金人肯定还会打我们，看样子，这回努尔哈赤要把我们赶尽杀绝。”
其他几个部族首领也赞同恩格德尔的话，纷纷点头。
“那你是什么意思。”卓里克图皱了皱眉头。
此前恩格德尔就曾经提出过投降努尔哈赤，尊努尔哈赤为汗。
这一回反出后金之前，卓里克图是问过大家的意见的，其中也包括恩格德尔，总不能才刚刚反出来，马上又重新投降后金吧？
卓里克图暗忖，如果他真的这么说，自己顶多是被他们推出去当替罪羊！
如果大家都觉得他当替罪羊可以拯救内喀尔喀，大不了就死了吧，只要不连累卓特木尔和乌兰图雅琪琪格就行。
乌兰图雅琪琪格聪明机灵，立刻猜到了恩的格尔想说什么，怒道：“恩格德尔伯父！你想投降金人、想让我父亲当替罪羊吗？”
“不不，你们误会了，哪能呢，做这种事，还是蒙古人吗？”恩的格尔摆手道：“我的意思是，看看能不能找金人和谈，他们这么追杀，杀是肯定杀不光我们这么多人的，再有两日，我们就能到明军长城边上。他们也得死不少人。”
“和谈？”卓里克图皱了皱眉头。