大都城距离道明山足有五千里之遥，方道明回山之旅却是寻常步行，不曾用得半分法力，跋山涉水，历经红尘，待他回到道明山时已是半年之后。
回山之后，方道明专心打理教中事务，教导弟子，开坛说法，或者便是闭关修炼，祭炼法宝。一年之后，应忘尘感于瓶颈难破，又借鉴方道明的修行经验，于是告辞下山，徒步红尘去了。又一年，孙悟行亦是下山，远行修行。
方道明为了应付天地大劫，第一要紧之事便是祭炼洞天法宝大日玄凰界。这大日玄凰界本已有五道元灵，可是方道明如今却创出了从未有过的本源禁制之法，于是他便将大日玄凰界的五道元灵做了取舍，炼入自家独创的元灵禁咒。
这禁咒之法又被其分为法禁、灵禁与玄禁，法禁用于祭炼宝有真形的法宝，灵禁用于祭炼宝有元灵境界的法宝，而玄禁则被其打算用于纯阳法宝的祭炼。这本源禁咒之法与原先法宝元灵的祭炼之法却是不同，法宝元灵的祭炼，每进一步，法宝中都会生出一道元灵，九道元灵乃是大成，若是获得机缘，便有可能九道元灵合而为一，化为一道纯阳元灵，晋升为纯阳法宝，只是这一步未免太难了一些，而且九道元灵，威力难免分散，很难发挥出其最大威力。而方道明的本源禁咒之法，使得法宝内只有一道本源禁咒，但这道本源禁咒却可以随着不断祭炼，不断的提升威力，这本源禁咒便可生出一重、两重，直到九重大成，然后九重合一，便可晋升法宝等级，生出元灵，抑或修成纯阳。换而言之，本源禁咒之法祭炼的法宝只有一道元灵，却可祭炼到九重威力，甚至化为道法符录，而原先的法宝元灵却有九道之多，威力分散，难尽其力，少了变化之道。更重要的是，方道明的本源禁咒之法乃是由玄天化宝诀推算而来，经此祭炼的法宝便是彻底归了祭炼之人，再也生不出半点其它心思。
这大日玄凰界本就是宝有元灵境界，被方道明炼取本源灵禁，原先的五道元灵，有四道被打散，只剩下最初的一道，炼入本源灵禁咒法，另外被打散的四道元灵复又被方道明用玄天化宝诀祭炼，用于祭炼唯一的一道元灵，只花去一年时间，便将其灵禁祭炼到了六重之多，威力胜过之前三倍有余。
此时的大日玄凰界，内在洞天已是广大无比，东西、南北，足有十万里之遥，方道明依靠本源元灵化作的玄凰大日，布下天地吞灵大阵，从外界源源不断的吸收天地灵气，为洞天所用，又在九天之上布下九天罡风与天罡雷府，衍化风云雷电，利用从茫茫西海取回的五行息壤，辅以黄天厚土大*法，化为孕育生灵万物的苍茫厚土，再用从南疆巫道大长老处得来的四颗羲皇之牙，化为四座苍茫大山，分布四方，上撑苍天，下镇大地，最后又将从悬空山峰与上元真水挪了进去，化为山川大河，丘陵湖泊。
只是这些是远远不够的，一处洞天的最高境界，在于它能繁衍万物，孕育生灵。于是所有的妖兽出身的长老、尊者皆被安排进入大日玄凰界，一边修行，一边做了苦力，开发适合生灵生存所在，这些长老、尊者亦从外界捉来许多飞禽走兽，甚至珍禽异兽，灵芝仙草，使得大日玄凰界渐渐孕育出了第一批生灵。至于方道明之前俘虏的妖怪，皆被安排在了一处山林之地，继续祭炼本源禁咒道符。
一年之后，方道明终于可以暂时腾出手来，祭炼一下另外三件宝有元灵的法宝，道明元神剑、太乙遁甲符与天地烘炉，所幸这三件法宝皆是只有一道元灵，并不需要多费功夫，只需将其元灵的本我意识抹去，再将本源灵禁之法炼入这道元灵即可。这三件法宝也是先后有别，道明元神剑最先，太乙遁甲符次之，天地烘炉最后，所以除了道明元神剑之外，其它两件法宝却只有一重灵禁咒法。至于其它几件先天纯阳出身的法宝，方道明却不敢轻易而为，免得出了差错，折了品质，反而暴殄天物。
这日，三代弟子巫行云来报，道明山下来了一群意想不到的客人，虽然鹤云子已是迎着，待碍于对方身份，她还是着巫行云来禀报方道明。后者分出一道元神分身，化为自家模样，到了山脚，方才明白，原来来者竟然是当今大禹朝虞亲王等一行。
虞亲王见了方道明，不敢有丝毫托大，抢先行了大礼，方才接着说话。原来当日方道明大败幽冥老祖，便突然不辞而别，惹得当今圣上意兴澜珊。后来生出一件私事，于是当今圣上便微服出访，只带了亲信人等，来到道明山，想要拜见道明天尊。
方道明暗道难怪推算不得真相，原来是有天子之气的干扰，于是细问之下，方知这其中究竟，原来真我教虽然折了现任教主，但上任教主突然出现，化解了燃眉之急。这位残疾教主在皇权的支持下，开始大举删减真我教势力，撤了各个州府的分教，释放赔偿遭受迫害之人，还以良田土地。一年之后，这真我教的实力反而不及了二十年前。这残疾教主干脆彻底解散了真我教，更与圣上述说，想来道明山学习道法，出世修行，不再理会凡尘俗世。当今圣上尊其为帝师，自是不好过多阻拦，只好亲自陪了，来到道明山，想为自家师傅寻一落脚之地。只是出乎方道明预料的是，这一行想来道明山修行的，除了残疾老人，尚有吴家吴承武，大将程药近与他手下的五百亲兵。吴承武天生爱好习武，也就罢了，至于这程药近，则是先前在审判国师一案中，差点被冤枉受了牢狱之灾，性命不保，经过此番曲折，已是有些醒悟，于是便生了出家修行的主意，至于其他亲兵，他去哪里，亲兵们自然也去哪里。
方道明也不多说，只是随便应了，吩咐鹤云子安排一干人等在道明山修行，成绩突出的，方可作为内室，升为三代弟子。他也不去见什么皇帝，对于皇帝想策封他为道明天师，护国国师的圣旨也是不接，只是吩咐了鹤云子待客，自己便是回山。
当今圣上虽然不爽其待客之道，何况这客人还是当今圣上，但也知道修道之人的脾气，兼之来此之前，残疾老者曾经三番四次强调其要放低姿态，要存敬畏之心，所以也就忍了，更何况接待他的鹤云子乃是国色天香的修行仙子，无论从哪方面来说，当今圣上都还是满意的。随着大禹朝对方道明的策封，后者虽然不太在意，但其冥冥之中的祁愿信仰之力，却比之前强大了数倍。
当然，方道明也借着此次机会，着鹤云子向皇上提出了往道明山地界迁移人口的要求。当今圣上对道明天师亦有央求觉得倍儿有面子，于是大笔一挥，着各州各府抽掉人口，迁往道明山地界居住安家，前后耗时十年，总数近千万之多。又着此地所属的扬州府，不得干涉道明宗之事，更是免了这道明山地界的各种赋税，再由朝廷每年化拨百万两白银与道明宗，支持道明宗地界的建设发展。
方道明这才有些反应，与了皇帝几道避邪符与几味延年益寿的灵药，又传了其一些修身养性之法，便是了事。不过这些举动已足够皇帝知足。此行不外乎两件事而已，一件是为自家残疾师傅安排一处落脚之地，另外一件嘛，作为一国之君，总是有着万岁万岁万万岁的欲望，而方道明的这几件赠与，恰恰满足了其私欲。
双方各有收获，于是心满意足的各回各家，各干各事。道明宗先前招收弟子，条件颇为苛刻，所以单数量而言，并不算多，只是经此一事，弟子人数陡然近乎翻倍，倒有些门楣壮大，香火兴旺的意思。只是方道明对这些外室弟子并不在意，你是一心修道也好，你是打酱油也罢，且看你修行成果再说，也只有那些天赋、心性具佳的弟子，方才可能晋升为内室弟子，得以传授道明天书上的道明三千法。这些新来弟子当中，原先真我教教主任正行早已修成元神，被方道明直接化为内室弟子，授予真传，只是其原先一身道法皆被舍弃，从头修炼鸿蒙仙诀。至于其他人等，也就程药近与吴承武被看好一些。
五年之后，前去转世投胎的普贤和尚与云舟道人亦被引入山门，做了道明宗弟子，开始了重修之旅。十年之后，韩清慧、应忘尘与孙悟行等三人相继归来，与大日玄凰界的修行洞天中参悟玄机，很少理会教中事务，只是林婉约没了消息。因为之前得了皇龙经，帝云子与凌云子在洞天内的修行进步颇快，距离金丹六转的五爪真龙境界只有一步之遥。而鹤云子从方道明处得的好处最多，这十年期间，终于脱胎换骨，修成了火凤兽身，更是借此契机，抢先一步修成金丹六转的境界，一身真火道法，浑雄之极。至于方道明自己，却是道行一直无法提升，仍在参悟元神无相的修炼之道，多在祭炼法宝。