扶桑的“都察院”是以大目付为首的各种目付组成，其中大目付直属老中，目付直属若年寄，大目付负责对皇室的小朝廷、诸侯、高家和大身旗本进行监督和举报，下一级的目付负责监督普通旗本和各级御家人，属下专治巡视和刺探的是巡见使、隐者等。
中华三院六部的六部是吏、兵、礼、户、刑、工，幕府对应的机构如下：
吏部这么高上大的东西不适合扶桑，幕府用人全靠提名，做到了内举不避亲，役职候选人靠内外共举，够资格的都可以提名，高层役职和重要职位拍板靠将军和老中，中下级职位靠上层拍脑袋。
至于外举不避仇，反正肉烂在锅里，大家相爱相杀两百多年，谁还没有两个死对头。
扶桑的兵部比较复杂，因为分封制，幕府有自己的部队，诸侯有自己的部队，幕府的旗本也有自己的私人部队，只有御家人哭晕在厕所。
幕府的直属部队分为大番头组、新番头组、御小姓组、御书院组、留守居组和各地代官的直属部队，以上都是常备军，上下都是幕府的旗本和御家人。
幕府大番共十二组，驻扎在江户，受老中和若年寄直接指挥，每组包含番头一名、组头四名、番士五十名、与力十名、同心二十名，加上足轻每组总兵力约四百，十二组大番总兵力约五千人——直秀街坊邻居的祖上都是大番组成员。
新番头组是将军的出行护卫；御小姓组顾名思义是将军的亲兵“小姓”——小栗忠顺赫然在列；御书院组负责守护将军人身安全，类似中华的大内高手；留守居组负责江户城的警备，类似中华的皇城警卫。
各地的御领，也有部队。
除了常备军，后备军是全体幕府武士，既然被称作武士，那如果幕府有事，所有的旗本和御家人都有责任上阵。
因为没有科举，而且皇室的小朝廷也举行祭祀活动，因此幕府的礼部就萎缩成高家、奏者番、诘众和官学。高家是一种特殊的旗本等级，多是失地的有名大名后代，奏者番和诘众是大名，一般作诘众的大名其领地石高相对较低。
幕府官学是昌平簧，也称昌平板学问所，除江户本校外，还在御领各地设有分校，如长崎的明伦堂、甲府的征典馆、骏府的明新馆、佐渡的修教馆、日光的学问所等，本校、分校都以儒学教育为主，由本校派遣教师授课，五代将军纲吉命林罗山的三代孙林凤冈为昌平簧的大学头，之后由林家世袭主持这所学校。
有趣的是，幕府官学昌平簧不但对各大名的藩学所没有直接管辖权，对御领内的民间学校寺子屋和私塾也没有直接管辖权。
另外，扶桑的“礼部”还包括天文方、书物奉行所及天文方下属的蕃书和解御用所。未来幕府开国后，又成了洋学所、开成所、语学所等学术机构。
扶桑的“户部”由勘定奉行和勘定吟味役为首的武士组成，人选一般从大身旗本中选拔。勘定奉行定员四人，两人为胜手方，两人为公事方，胜手方负责管辖财政与幕府直辖领地，统领御领的郡代、地方代官和藏奉行。
其中比较有趣的是公事方，公事方专门负责诉讼事务，这和御领的奉行所除了民政也管诉讼有关。
勘定吟味役定员四至六人，同样分胜手方和公事方，官员也是旗本出身，职责和勘定奉行一样，可以看作是勘定奉行的助手，但主要负责审计工作，归老中、若年寄直属。
有趣的是，扶桑因为分封制，导致民间户籍管理混乱，详尽的户籍管理反而要依靠寺庙，形成了“寺请制度”，也叫做“檀家寺请”，生老病死、婚丧嫁娶、旅行、搬迁都要寺庙开证明文书。至于其中是否有借助佛教来抑制起源于皇室的神教之意，这个就属于仁者见仁智者见智的事了。
扶桑的宗教势力强大，幕府对此专门设立了寺社奉行，管理御领的寺社，下属手留役、寺社役和检使，并且在御领各地的奉行所也设置了寺社奉行。
寺社奉行和勘定奉行、江户町奉行合称三奉行，在老中、若年寄属下的文官中居首，其中寺社奉行从任过奏者番的谱代大名中选拔。
类似工部的幕府机构是由下三奉行领导的，下三奉行是作事奉行、普请奉行和小普请奉行，下面各有手下，作事奉行负责营造修缮等事务，普请奉行负责城池修筑与河道疏浚，小普请奉行负责将军家庙的宽永寺、增上寺修缮相关事务。
进行重大工程时，幕府通常下令由诸侯助工役，称之为“手伝普请”，这和幕府有事要求的出兵相助及参觐交代构成了诸侯对幕府的三大义务。
幕府是没有所谓的“刑部”的，民间的民事诉讼和刑事诉讼都由各地的奉行所直接审理，一般不接受上诉，重大案件交由评定所审理。
评定所负责幕府所属的旗本、御家人的诉讼，以及不同身份阶层之间的诉讼，例如江户町民、僧侣、武士之间的诉讼，是幕府的高级法务机构。
评定所直属于将军，一般主审官员由一名老中或若年寄，再加上一名寺社奉行、一名勘定奉行公事方、一名江户町奉行组成。
至于大名和各藩之间的争执和纠纷，就需要由幕府的老中评定会决策，再由将军最后拍板。
幕府的中枢机关基本上就这些，谱代大名组成的老中评定会高高在上，而大身旗本担任的各奉行和各番头掌握实际权利，御三家、御三卿和德川亲藩“御一门”负责捞好处和打小报告，监督老中评定会运转的怎么样，听到什么消息就跑到将军和大奥哭诉，“这德川家吃枣药丸啊”。
至于外样大名，幕府役职屁也吃不到，只能老老实实地手伝普请、出兵相助和参觐交代，平时时刻准备着被幕府找茬。但作为属下的福利就是出了事情可以向幕府求助，借粮、借钱和借兵，挨了邻居的欺负也可以到江户哭诉，幕府肯定管，至于结果不好说——伊达全歼友军不是也屁事没有。
也不是没有例外，一些外样大名甚至外样大名的手下也成了幕府高官，但结果都不怎么美妙。
例如元禄二年（1689年），土佐新田藩的藩主山内丰明备受当时将军德川纲吉的信任，被提拔为若年寄，之后纲吉要继续提拔丰明为老中，丰明扛不住幕府内外的压力而坚决推辞，纲吉大怒，土佐新田藩就此废藩。
江户作为将军驻跸之地，江户南北町奉行的权利很大、地位很高，类比宋朝的开封府尹，从大身旗本中挑选，由老中评定会管辖。
至于幕府的地方官，有远国奉行、国代、郡奉行、地方代官等等，除了京都所司代、伏见奉行、大坂城代、大坂定番、大坂加番等是由谱代大名或御一门担任外，其它重要役职都是由旗本担任。
德川幕府早期的时候，一些国代也由谱代大名担任，但后来比例渐渐降低，旗本成了国代的主要人选来源。
幕府早期一直想方设法削减外样大名的领地，结果除了基本盘——关东平原、浓尾平原、近畿平原和东海道一带外，零零碎碎又在扶桑各地搞了不少小块地盘，江户中期幕府的郡代与领代加起来有四十七国一千二百多个。
幕府由旗本担任的各种代官里，就属国代和远国奉行最为尊贵。旗本担任过远国奉行后，再往上就是勘定奉行和江户町奉行，所以小栗家属于一等一的旗本家族。
德川幕府早期和中期，皇室的小朝廷和外样大名被压的透不过起来，当时幕府内部的明争暗斗仅仅是发生在将军侧近的内朝、以老中为首的外朝之间和各自内部之间，因为扶桑没有宦官，谱代大名和大身旗本经常在内朝和外朝之间来回转换，所以也可以看成是谱代大名和大身旗本组成的各个派系之间的内斗。
德川亲藩“御一门”有时还能捞个好役职，御三家、御三卿就只能干看着，只有在将军绝嗣的时候才能爆发一把，从分家家主过继成将军，然后一大堆原来的家臣鸡犬升天。
江户城的大奥，作为将军的老妈和老婆们，有时候也起到不可思议的作用，枕头风很厉害，或者因为作为与忠并列的孝，老妈的话不听不行，就起码装装样子，因此很多谱代大名和旗本也走大奥的路子上进，普遍认为能不得罪坚决不得罪大奥。
尤其是在将军绝嗣的时候，大奥往往爆发出令人侧目的力量，一句“选出来的西丸样怎么也要我看好吧”，将军都要绝嗣了，作为老婆、老妈的话，在此时说出格外引人同情，违背的话人情天理都说不过去，因此往往达成一票否决的效果。
幕末的时候，外部压力造成幕府内部斗争更加激烈，谱代大名和大身旗本组成的各个派系各自寻找外援，有的寻求实力强大的外样大名的支持，有的寻求皇室小朝廷的支持，同时大身旗本和中下级武士的矛盾也越来越大，江户时代末期的幕政争斗就是个大漩涡，从谱代大名和大身旗本开始，把扶桑的上上下下都卷入进来，最后里外一起把幕府这条大船凿沉了。